Nem todos os jogos da Nintendo podem ser emulados com perfeição no 3DS, pois o bom desempenho dos jogos pode ser afetado pelas especificações de hardware do dispositivo Android.
O 3DS não é ilegal, mas o jogos acessados por meio do emulador podem estar protegidos por direitos autorais, neste caso, é ilegal usar cópias piratas dos jogos.
Provavelmente, o 3DS não está mais disponível no Google Play por ter violado as regras da plataforma ou porque os próprios desenvolvedores decidiram remôve-lo da loja.
Você pode usar emuladores como Citra, DraStic DS Emulator, PPSSPP, RetroArch, NDS4Droid ou AnDS.
Sim, você pode baixar o emulador como arquivo APK seguro gratuitamente no AndroidLista.